Η αποκάλυψη έγινε από τις τουρκικές αρχές μετά τις εργασίες αναπαλαίωσης που ολοκληρώθηκαν πριν από λίγες ημέρες. Η χτιστή κολυμπήθρα, που θεωρείται η μεγαλύτερη της εποχής του Βυζαντίου χτίστηκε τον 6ο αιώνα παράλληλα με της εργασίες της Αγίας Σοφίας και βρίσκεται σε σημείο ακριβώς δίπλα από τον ιερό ναό.
Πάνω από 500 χρόνια, λίγοι ήταν αυτοί που μιλούσαν και γνώριζαν την ύπαρξη του Βαπτιστηρίου . Σύμφωνα με τους τούρκους αρχιαιολόγους μετά το 1453 , οπου η Αγία Σοφία μετατράπηκε σε τζαμί, το συγκεκριμένο σημείο του ναού χρησιμοποιήθηκε ως χώρος αποθήκευσης λαδιού για τα καντήλια.
Όταν το 1935 η Αγία Σοφία έγινε μουσείο ξεκίνησαν οι ανασκαφές, το 1943 αποκαλύφθηκε η κολυμπήθρα που έχει χτιστεί από ένα κομμάτι μαρμάρου. Μετά από διαδοχικές εργασίες αποκαλύφθηκε πως όλο το σημείο αυτό ήταν το Βαπτιστήριο της Αγίας Σοφίας.
